En el año de 1770 se construye la Iglesia del Real de San José del Pinal de los Amoles y su primer servicio lo da el Padre Vicario José María Rodríguez el 3 de abril de 1771. El 6 de noviembre de 1871, se traslada la residencia del curato de Escanela a San José de los Amoles.
La Iglesia original fue construida en el año de 1608, y destruida en un intento de sus moradores por elevar el techo en el año de 1877 otros afirman que se destruyó parte del templo debido a que se sospechaba la existencia de una veta de oro, perdiendo de esta manera una antigüedad de 269 años.
Fue reconstruido en 1892 y terminado en 1925, el actual templo es de sencilla arquitectura. Los Lugareños narran de generación en generación, qué el templo de San Pedro se construyó precisamente para tapar la entrada principal de una mina de oro, la cual era motivo de discordias entre los pobladores que se disputaban el privilegio de explorarla, ocasionando con ello varias muertes y rencillas familiares. Hasta que, cansados de esta situación, por acuerdo mutuo determinaron taparla con edificación del templo que hasta la actualidad se conserva.
EI 16 de enero de 1872 el ilustrísimo Señor Doctor don Ramón Camacho García, Obispo de Querétaro, erigió en Vicaria, a Ahuacatlán dependiente del curato de Escanela. Su primer Vicario don Ricardo Dávila del 4 de marzo de 1872 al 9 de diciembre de 1874. A partir de su llegada se inició la construcción del actual Templo de Nuestra Señora de Guadalupe. El 29 de septiembre de 1940 se erigió en Parroquia la Misión de nuestra Señora de Guadalupe, siendo Obispo de Querétaro el Ilustrísimo señor Doctor don Marciano Tinajero y Estrada.
En 1864 al fundarse la Diócesis de Querétaro, entre las parroquias que se enumeran que formaran parte de la nueva Diócesis esta entre otras la de San Pedro Escanela.
Muchos años más tarde, el 10 de marzo de 1969, se erigió con el título de Parroquia de San José de Amoles, habiéndose nombrado párroco a don Mauro Hernández en la época en que era obispo de la Diócesis de Querétaro, Monseñor Dr. don Alfonso Toriz Cobián.
A partir de esa fecha, lo que fuera el curato de San Pedro Escanela se transformó en residencia Vicarial de San Pedro Escanela, terminando con 355 años de antigüedad, desde cuando fue su primer cura en 1614 el bachiller don Luis de Escalera Navarro, y el último, el padre Mauro Hernández en 1969. En las veredas, caminos, piedras y aledaños de San Pedro Escanela, perduran las huellas de los misioneros, las de los indígenas, las voces y afectos de ambos; la tierra fecunda aún está fresca, regada con el sudor de franciscanos, agustinos e indígenas; fresca como el agua del evangelio y la esperanza de salvación. También ahí está el recuerdo de los señores curas, pescadores de hombres para el reino de Dios.
Reuniendo la Vicaría Residencial de San Pedro Escanela las condiciones requeridas por el Derecho Canónico para ser erigida en parroquia y teniendo en cuenta la petición hecha por el actual vicario residente quien alega entre otras razones la antigüedad del pueblo de San Pedro Escanela que en otro tiempo fue Cabecera Parroquial de la Parroquia el Real de Minas del Señor San Pedro, el bien espiritual de un considerable número de habitantes y la celebración del año jubilar de las bodas de plata del Obispo Diocesano Don Alfonso Toriz Cobían.
Desmiembra de la Parroquia de San José de Pinal de Amoles los siguientes poblados: San Pedro Escanela, El Ranchito, Tonatico, Loma larga, San Francisco, El Aguacate Loma de Guadalupe, Casas Viejas, El Chuveje, Las Joyas, Mohonera, Mavi, Agua Verde, Pie de la Cuesta, El Cochinito, La Cebolla, Agua del Maíz, La Colgada, San Pedro El Viejo, Carrizalillo, San Isidro, La Medias Coloradas, Santa Clara, El Murciélago, y el Durazno Grande.
Se erige nuevamente la Parroquia de San Pedro Escanela, cuya sede será la entonces residencia vicarial, el decreto fue firmado el 31 de octubre de 1979.
El 3 de mayo de 1980 el señor Obispo Don Alfonso Toriz Cobían devuelve a San Pedro Escanela el título de Parroquia, siendo su ultimo vicario y su primer señor Párroco Don Manuel López Arrellano, sin que Pinal de Amoles dejara de ser Parroquia.
